Fraxinus

Genom referencyjny

Genom referencyjny to zbiór możliwie kompletnej sekwencji DNA, która powinna reprezentować typowy dla danego gatunku genotyp. Taki genetycznych wzorzec pozwala m.in. na: identyfikację i charakterystykę genów wpływających na cechy morfologiczne, odporność na czynniki środowiskowe czy choroby. Dodatkowo możliwe są analizy porównawcze zmienności genomicznej w obrębie i pomiędzy gatunkami.

Dla jesionu wyniosłego (Fraxinus excelsior L.) genom referencyjny został opracowany przez zespół naukowy Projektu i jest dostępny do pobrania w serwisie NCBI. Sekwencja powstała w opraciu o trzy typy bibliotek genomowych (Illumina, PacBio Sequel oraz HiC) a zasoby obliczeniowe Katedry Genetyki UKW przetworzyły >1,2 miliardów odczytów! W genomie o łącznej długości 806.5 Mpz wyszczególniono 23 (pseudo)chromosomy oraz sekwencje przynależące do genomu chloroplastowego oraz mitochondrialnego. Anotacja elementów kodujących pozwoliła na zidentyfikowanie ok. 41 tysięcy genów!

Zapraszamy do zasięgnięcia po więcej informacji na temat samego genomu jak i jego pobrania:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/data-hub/genome/GCA_019097785.1/